ツールアップデートめんどいので、なるべく CUI からいけるように付記したバージョンを書き起こした。 FastQC http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/ FASTX-Toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/ Burrows-Wheeler Aligner ht…
FastQC http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/ FASTX-Toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/ Burrows-Wheeler Aligner http://bio-bwa.sourceforge.net/ https://github.com/lh3/bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.gi…
ということで、MacBook Air 11インチ欲しい！
2日前に書いていたんだけど、いろいろなタイミングで出さずじまいかと思いきや、はてブを読んでてやっぱり気持ち悪くて出そうと思い直した。 CheckDNA (アルクグループ) の一連でいろんな人がツィートしてて、「今回の件はよろしくない」という点でほとんど…
基盤 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/widgets.js"; fjs.…
Galaxy の説明もしない俺得エントリー (?) Galaxy とは Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences | Genome Biology | Full Text の論文を参照☆ http://blo…
# 9/20 少し追加 # 9/1 当日のスライドをエントリ最後に追加しました疾患の研究論文を読み漁ったので、ついでにブログに残してみる。 対象としたのは、GWAS (全ゲノム相関解析)、Missing Heritability (GWAS でつかめなかった遺伝寄与 = Missing heritabilit…
タクティクスオウガ 運命の輪 特典 オリジナルタロットカード付き - PSP出版社/メーカー: スクウェア・エニックス発売日: 2010/11/11メディア: Video Game購入: 65人 クリック: 881回この商品を含むブログ (127件) を見る1995年にSFCで発売かー。これはまた…
ただ今のタイミングでマジメな方の遺伝子テストサービスをきっちりと説明できる人は少ないと思う。現在進行形のせめぎ合いすぎる。あと2008年の人類遺伝学会の見解って見つからないんだけど…学会のサイトには収録されてないっぽいのが残念。
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20100813-OYT1T01215.htm がんやアルツハイマー病のリスクが分かるとするものや、子供の「才能」が分かるとうたうものまである。ただ、科学的根拠は必ずしも明確でなかったり、説明が十分でなかったりするものも多く…
海外で遺伝子テストサービスの是非について議論沸騰しているけど、空気読まずに各社紹介とかやっちゃうよ! 背景 前回 Pathway Genomics社の遺伝子テストサービスを受けてみた - つぶやき〜 を書いてみたのは、個人的には万人にお勧めはできないですよー、と…
結論から言うと、現状の遺伝子テストサービスは 疾患に関する遺伝研究の知識、または強い好奇心を持つ科学者 遺伝に興味のある医者 というような人以外には勧められない。 僕が個人的に勧めないってだけなんだけど、実際に自分で体験してみてそう考えた。こ…
などと今日ふと気付いた。というかハマった。 ということでこうした。.irbrcにbegin-rescue-endを書いているお手本を見かけ無いように思うので、一応ブログにしてみた。そんなのでハマるのが僕だけという可能性もあるが(・ε・)ｷﾆｼﾅｲ!! begin require 'rubyge…
20歳のときに知っておきたかったこと スタンフォード大学集中講義作者: ティナ・シーリグ,Tina Seelig,高遠裕子出版社/メーカー: CCCメディアハウス発売日: 2010/03/10メディア: ハードカバー購入: 475人 クリック: 17,353回この商品を含むブログ (395件) を…
ヒトの変異体を豊富な資料と、それらを追求した科学者のことも含めて記載した一般書。 良書だったし、最後らへんにあった「ただ知りたい」という欲求に共感したのでメモして残しておく。 遺伝的な相違はあらゆる人々の間に存在する。ではどのような相違があ…
@hiroking1975さんのつぶやきから、エントリ名のことを思ったり。 夏休みかなんかの自由課題とかにどーだろう?こういった分布図に出来そうな思いつきをサクっと形に出来るサイトを構築でもいいかもしんない。 アホ・バカ分布図がなにか?というのはこちらで。
Personalized genomic information: preparing for the future of genetic medicine がちょっとおもしろかった。4人のgenome/genetics/cancer領域の科学者が答えてる。 のっけから一人だけ意見を異にするKari Stefansson博士が気持ちいい。 リップサービスで…
今年度、自分のしている研究に民間財団から助成金を頂いていて、今日は全12名が集まっての成果報告会 (at 川越) だった。テーマがドンピシャだったのだろうけど、自分だけヒラ研究員であとはみんな教授という中で空気読まずにニコニコ成果報告してきましたよ…
Exome sequenceなどで多くのvariantsが見つかるのだけど、それらがタンパク質に与える影響を知りたい時にどうするか? PolyPhenがよく用いられてるっぽいけど、UCSCのMLでEnsemblにもSNP Effect predictorというツールが加わったらしいのを知ったのでメモ代わ…
Ctr+jで" OS X限定です。 DefaultKeyBinding.dictを設定するとCocoaアプリでキーコンビネーションの挙動を設定できるのですが、テキスト挿入も出来るんですね。 以下のようにDefaultKeyBinding.dictを作ってやるだけでした。 [mako@Akari](1.47) cat ~/Libra…
あるSNPが触れられている文献を「rsSNPidをクエリーにして、NCBI eUtilsでPubMed ID」をゲットする、というもの。 [BioC] dbSNP - getting details of Pubmed ID for a SNP Hi,I had a set of snp ids (e.g. 'rs11805303'). Is there any package that will …
しなさいね！みたいなメールきた。 研究班で一緒のN波先生に前か言われてて、何かの冗談だと思ってました。 山陰にAJACSを招致した方が有益に思うけど、施設的に条件クリアできないかもな。 まあ行ってみれば、今はどんな感じになってるか分かるか。なんせ僕…
一行だけど。 // ==UserScript== // @name PubMedAbstractChanger // @namespace id:ma_ko // @include http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/* // ==/UserScript== GM_addStyle(".abstract_text { font-size: medium; }"); FirefoxのGreasemonkeyのメニュー…
いってきました。おそらく小学生以来だから20年以上前だな、前回は…。 4つくらいの品種を栽培してるので、今回とらせてもらったのはヒムロックという品種らしい。 種なしで皮ごといける。甘さがそんなに強くなく、舌に残らない感じで良い。 実際は狭山湖 (山…
まだ未読なんですが、読んでみれば幾つか参考にして自分を振り返れるところがありそう、ってことで紹介。大学院生から研究者まで広い範囲が対象になるかと。 別の本を読み始めたので積読状態…早く読みたい。 内容紹介 DNA研究でノーベル賞を受賞したワトソン…
初めてのことで時間を浪費した感*1があるので後進のためにログをさらしておく。 まだ書きかけ、初エントリ時にはオンラインでオーダーを済ませてAssurance formをFAXした段階です。 ずいぶん間が空いたけど、一応フィニッシュ！ そもそもCoriellって何？ 医…
昨日の続き。レンタルしてるサーバーに試しに設置してみる。 スクリプト側の準備 gemのインストール Dreamhostで自分のホーム以下にgemを入れるには http://wiki.dreamhost.com/RubyGems を一読しておくといいよ。 gem install scrubyt -i local/gem gem sou…
ふと作れるか試してみたかったんだろうな。理由は以下。 動機 id:wakutekaがボット作ってて、それがかわいかったから 前にtwibotというRubyのライブラリを見かけてて、なんとなく気になっていたから 金曜の夜だけど、ぼっちだったから スクレイプとかしてみ…
疲労もたまっていたし、銀行に手続きをする関係で今日は昼過ぎまでお休み。 川越で用事をすませて、ラボに戻る途中の電車で落としてしまったようです。 あぁ、支払いまだまだあるのになぁ‥>
言い換えると、Firefoxのキーバインドをいじるアドオンの紹介、です。早速ですが、keyconfigというアドオンでショートカット(キーバインド)が設定できます。 http://mozilla.dorando.at/ にある keyconfig.xpi がそれです。インストール後、設定画面で以下の…
