Mac の R.app とかだとしてくれるので‥ESS でもしてもらいたいです。 .emacs に以下を書けば良さげ。 (add-hook 'ess-mode-hook (lambda () (define-key ess-mode-map "\"" 'electric-pair) (define-key ess-mode-map "\'" 'electric-pair) (define-key ess-…

最近の ESS では ess-S-assign-key というので"_"以外にも" (setq ess-S-assign-key "\C-j") (ess-toggle-S-assign-key t) kzfm さんのように ess-mode-hook とするのもありなようだ。 http://blog.kzfmix.com/entry/1198403278

~/.Renviron を以下のようにつくる。 R_HISTFILE=~/.Rhistory R_HISTSIZE=10000~/.Rprofile に # Things put here are done first. .First <- function(){ utils::loadhistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")) cat("\n Welcome to R!") cat("\n " , paste(date())…

してみた。 .Rprofileを以下のようにしたところ、とりあえず動く。 Carbon Emacs 2008年夏版と R 2.7.1 で確認しています。 if (.Platform$pkgType == "mac.binary"){ options(device="quartz") } setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"), function(..…

http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html あとで見る。 R Graphic Manuals の方が見やすい*1。 http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/pkg.php?p=SNPassoc *1:というか CRAN の方はリンク切れしていたので。

ようで、120枚の RMA がうまくいっていなかったよう。 for(file in files){ just.rma(file) } すると確かにその一枚はこけるのが分かる。

まだ計算中だけど‥100サンプル、1000 SNP で dominant/codominant/recessive のパターンを計算させるのに3分強って感じだった。2000 SNP で10分越したみたい。 25万 SNP なので、Ruby でざく切りして qsub に突っ込む。qsub ありがたや。 しかし、シェルが sh…

rsync -rtlv --exclude='bioc/bin/' bioconductor.org::2.0 .でごそっと。ここからinstall.packages()でいけるのかな？

BioCのSNPchip*1を試すのに必要なので作り方を調べた。 library(makePlatformDesign) makePDpackage("Mapping50K_Xba240.CDF", "Mapping50K_Xba240_probe_fasta", "Mapping50K_Xba240.na22.annot.csv", type="SNP")必要なファイルは、 http://www.affymetrix…

中澤氏が公開されている。 http://phi.ypu.jp/swtips/R.html 使われているEpiライブラリは知らなかった。 http://mirrors.ibiblio.org/pub/mirrors/CRAN/src/contrib/Descriptions/Epi.html ありがとうございます。併せて「R による保健医療データ解析演習…

http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html データの読み込みがイージー covariantをモデルに入れられる（= GLMで計算している） 1SNPの相関解析をdominantやらadditiveやら複数の形式を簡単に計算できる（一括指定するだけ） それ…

講師をされた江口先生 http://www.geocities.jp/ismstats/diary_2006.htmlRでadaBoostのデモをされた川喜田研究員 http://www.ism.ac.jp/~kawakita/homepage_jp.html

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/Rstat.cgi 今のところ、pdfで139ページ。 統計学よりもRの操作よりな構成。 既に素晴らしいR-tipsもあるわけだが、手始めにざっと通して演習してみるのにいいかもしれない。 公開して頂けることには、感謝です :-)

[BioC] Mirror configuration to install from local files with getBioC/biocLite というのがBioC MLに流れていた。メモ。

BioCのMLからクリップ。自分も困りそうだから :-) 質問者はR version 2.3.1, on Mac (OS 10.4.7, on an Intel CoreDuo iMac) とのこと。 次のwarningがでるらしい。 The downloaded packages are in /tmp/RtmpJdBYlA/downloaded_packages Warning messages: …

echo 'data hoge.txt");source("hoge.r")' | R --slave --vanilla うーん、使う場面あるのか？忘れそうだけど、ひょっとしたら使うかもしれないからメモしとく。 hoge.rが処理本体部分。

したよっと。他機種で確認してないけど、intel macだからかな？ Rの中で > library(multtest) とすると 以下にエラーdyn.load(x, as.logical(local), as.logical(now)) : 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/multtest/libs/…

リストで返す。そうな。 詳しくはThe R tips 180ページを参照のこと。 return(list(A,B)) ちなみに素直に return(A,B) だとwarning出る。

この内容はRjpWikiのhttp://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%B0%A5%E9%A5%D5%A5%A3%A5%C3%A5%AF%A5%B9%BB%B2%B9%CD%BC%C2%CE%E3%BD%B8%A1%A7%CB%C0%A5%B0%A5%E9%A5%D5にあります。 2つそれぞれに作るのではなく、1枚のFigに入れたいとき library(MASS) data(isl…

OSX 10.3.9にインストール。 libreadlineが古い、と言われて起動しない -> fink install readlineで解決 環境変数をsetenv LANG ja_JP.UTF-8（Terminal.appをutf8にしてるから） で無事に使える。確かに変数名、変数の値、どちらでも日本語が通ってる。 ひえ…

pasteと組み合わせて、以下のようにして > for ( i in 1:3){ print(eval(parse(text=paste(sep="","ftable(grade",i,",SNP",i,")")))) } これは > ftable(grade1,SNP1) > ftable(grade2,SNP2) > ftable(grade3,SNP3) としてるのと等価。 いつもやるたびに思…

医学・生物学のためのデータ解析入門―統計学からわかる現代医療の問題点作者: 岡田正彦出版社/メーカー: コロナ社発売日: 2004/11メディア: 単行本この商品を含むブログ (1件) を見る まだきちんと読めてないけど平易に知りたいことが書いてあるっぽい。ただ…

http://web.sfc.keio.ac.jp/~kogure/courses/2005/stat/syllabus.html 統計学苦手なのでクリップ。 こういう風に自分の手（R）で実感しながら授業出来てれば、追試も受けずにすんだろうに（笑）

Rのkruskal.test()とかwilcox.test()を間違えて使っていました…orz これらでは以下のように Usage: kruskal.test(formula, data, subset, na.action, ...)formula: a formula of the form 'lhs ~ rhs' where 'lhs' gives the data values and 'rhs' the corr…

ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ様。 たまたまRjpWikiから捕捉。メモというには立派すぎ:-)

普段読み込まないから、知らなかったがread.delimなどでデータの一列丸ごとが「T」一文字のデータを読み込むとlogicalに変換されてしまう（TRUE扱いになる）。 これを防ぐにはオプションでcolClassesを指定しておく（しないとRがcolClassを自動判定）。 data…

CrossTable{gmodels}を使う。行や列で見たときのパーセンテージが出せる。 パッと人に見せる時には良いと思う。 > CrossTable(infert$education, infert$induced, digits=1, expected=F, prop.r=T, prop.c=F, prop.t=F, prop.chisq=F, format="SPSS") Cell C…

Rに新しいROCのpackageが出てきている。メモ。

list.files() すぐ忘れる(^^;

http://www.statslab.cam.ac.uk/~pat/Splusdiscrete2.pdf 目次の付いた完全な本の形式で書かれていて、（自分の知りたいとこしか読んでないが）丁寧に書いてある。 役立ちそうなのでダウンロードしておいた。 やはりRのclogitはデータ数が大きくなると駄目ら…