私には何の関係もないんですけど、同僚の為に２群の平均値の差を検定したくなったので仕事してました。。 でここのR-tipsを参考にRをいじいじ。 ちょっと変な記述だなーと思ったので作者にフィードバックを‥フィードバックを‥‥作者の名前入ってなくない？ 調…

clogit計算終わらねえよ‥。。 Helpのexampleに書いてあるinfertというデータセットを色々いじりつつ、optionのmethod = c("exact" or "approximate")を使い分けてみた。 結論は、exactにしてると延々計算する状態になるということ。 かなり細かくsub groupに…

Conditional logisticはRで出来るのか調べてみると、このpackageで出来るようだ。 R 2.0.1、OS X 10.3.7で問題なく動く（exampleで確かめた）。 んで、いざ自分のデータを突っ込んで計算してみると‥終わらない..orz サンプル数が〜40くらいまでなら、根気よ…

Volume 36 Number 12 December 2004 page 1319 ~ Polymorphisms in FKBP5 are associated with increased recurrence of depressive episodes and rapid respomse o antidepressant treatment R 1.8.1とSPSS 11の両方を使ってロジスティック解析をしている。…

「'」（プライム）が読み込む行に含まれてると、そこで読み込み止める（改行のように認識する感じ）のに今頃気付いたの私だけ？ 改行処理はqkcでしてるから変になってるとは思えない。 今まで数値だけの行にしか使ってなかったから気付かなかったよ..どおり…

ちんたら仕事しつつ土曜日の午前中をまったり過ごしてしまいました..orz ちらちらwebを見てると、RjpWikiにて、Rのhelp関数の改良をしておられる方を発見。 具体的には > help(mako) No documentation for 'mako' in specified packages and libraries: you …

R | & tee log grep -e orz log | grep ?* | lv

用意したdata: Cancer A B 0 1 0 1 1 1 0 1 0 （注：Cacerが0 or 1の値をとる目的変数、AとBが説明変数ってことで）>R >hoge >ff hoge[3]),sep(collapse?かも)="+"),sep="~")) >ff （Cancer ~ Bと表示されればOK） >glm(ff,data=hoge,family=binomial(link=l…

for(x in dataframe) でいけるのかな？どこかにglm関数を使った単変量解析をバッチ処理した例はないものか。 あとで本読もう。 最悪１つ１つデータを区切って（perlで）出力して、read.tableを含めてループ処理か？ スマートにいかない予感‥(ToT)

set.seed(101) m replicate for(i in 1:m)replicate[i]value) replicate [1] 8.225812e-04 2.117310e-08 4.130529e-08 4.141086e-09 ....... [97] 2.097987e-05 4.882027e-05 3.701652e-04 1.034722e-05こんな感じでRelative riskとかOdds比の95%CIを直接出…

> b [,1] [,2] [1,] 12 17 [2,] 33 10> b[2,] [1] 33 10> matrix(c(b[2,],b[1,]),ncol=2,byrow=T) [,1] [,2] [1,] 33 10 [2,] 12 17

NA を含む行をのぞくには > a[complete.cases(a),]

結局perlで集計してテーブルを作ってから、その後に一気にRに読み込ませて計算させると速いことが分かった。 メモしとくと text for (i in 1:150) { if(i %% 2 != 0){ #奇数行はコメント扱いでプリント print(text[i,]) } if(i %% 2 == 0){ #偶数行はFisher…