SNPassocというSNP系Rパッケージがとてもいけてるようです
http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html
- データの読み込みがイージー
- covariantをモデルに入れられる(= GLMで計算している)
- 1SNPの相関解析をdominantやらadditiveやら複数の形式を簡単に計算できる(一括指定するだけ)
- それら結果をゲノム上にプロットできる
- 1SNPごとに詳細な結果も見られる
- haplo.statも内包(?)
今までのSNP系パッケージよりもかなり洗練された感じ。
なによりも1つのパッケージにまとめられたのが嬉しい。
補正法がBonferroniのみなのが惜しいなぁとは思うけど、次の機会に使ってみよう。
data(SNPs) datSNP<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="") ansAll<-WGassociation(protein~1,data=datSNP,model="all") # In that case the formula is not required. You can also write: # ansAll<-WGassociation(protein,data=datSNP,model="all") #only codominant and log-additive ansCoAd<-WGassociation(protein~1,data=datSNP,model=c("co","log-add")) #for printing p values print(ansAll) print(ansCoAd) #for obtaining a matrix with the p palues pvalAll<-pvalues(ansAll) pvalCoAd<-pvalues(ansCoAd) # when all models are fitted and we are interested in obtaining p values for different genet # codominant model pvalCod<-codominant(ansAll) # recessive model pvalRec<-recessive(ansAll) # and the same for additive, dominant or overdominant #summary summary(ansAll) #for a detailed report WGstats(ansAll) #for plotting the p values plot(ansAll)