SNPassocというSNP系Rパッケージがとてもいけてるようです

http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html

  1. データの読み込みがイージー
  2. covariantをモデルに入れられる(= GLMで計算している)
  3. 1SNPの相関解析をdominantやらadditiveやら複数の形式を簡単に計算できる(一括指定するだけ)
  4. それら結果をゲノム上にプロットできる
  5. 1SNPごとに詳細な結果も見られる
  6. haplo.statも内包(?)

今までのSNP系パッケージよりもかなり洗練された感じ。
なによりも1つのパッケージにまとめられたのが嬉しい。
補正法がBonferroniのみなのが惜しいなぁとは思うけど、次の機会に使ってみよう。

data(SNPs) 
datSNP<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="") 
ansAll<-WGassociation(protein~1,data=datSNP,model="all") 
# In that case the formula is not required. You can also write: 
# ansAll<-WGassociation(protein,data=datSNP,model="all") 
#only codominant and log-additive 
ansCoAd<-WGassociation(protein~1,data=datSNP,model=c("co","log-add")) 
#for printing p values 
print(ansAll) 
print(ansCoAd) 
#for obtaining a matrix with the p palues 
pvalAll<-pvalues(ansAll) 
pvalCoAd<-pvalues(ansCoAd)
# when all models are fitted and we are interested in obtaining p values for different genet 
# codominant model 
pvalCod<-codominant(ansAll) 
# recessive model 
pvalRec<-recessive(ansAll) 
# and the same for additive, dominant or overdominant 
#summary 
summary(ansAll) 
#for a detailed report 
WGstats(ansAll) 
#for plotting the p values 
plot(ansAll)