SNP

aroma.affymetrix で GWS6.0 アレイを処理したら、こうなるというメモ

SNP

aroma.affy の ML から。 For the record, to process the 96 Affy 6.0 chips, I exactly followed the Total Copy Number Analysis (5.0 & 6.0) vignette. It was very helpful and everything worked perfectly.http://groups.google.com/group/aroma-affy…

ほとんど需要がないかもだけど

SNP

そのうち Birdsuite*1 のセットアップとか書きたい (まだインストールしてもないけど) 。 http://www.broad.mit.edu/mpg/birdsuite/ *1:plink との組み合わせで CNV 解析したいのです

SNPassoc が機能アップしていた

http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html あとで見る。 R Graphic Manuals の方が見やすい*1。 http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/pkg.php?p=SNPassoc *1:というか CRAN の方はリンク切れしていたので。

pd.mapping50k.xba240を作る

R SNP

BioCのSNPchip*1を試すのに必要なので作り方を調べた。 library(makePlatformDesign) makePDpackage("Mapping50K_Xba240.CDF", "Mapping50K_Xba240_probe_fasta", "Mapping50K_Xba240.na22.annot.csv", type="SNP")必要なファイルは、 http://www.affymetrix…

SNPassocというSNP系Rパッケージがとてもいけてるようです

http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html データの読み込みがイージー covariantをモデルに入れられる(= GLMで計算している) 1SNPの相関解析をdominantやらadditiveやら複数の形式を簡単に計算できる(一括指定するだけ) それ…

NIH、全ゲノム関連性研究データを公開するデータベース「dbGaP」を立ち上げ

プレスリリース(英語): http://www.nlm.nih.gov/news/press_releases/dbgap_launchPR06.html 日経バイオテク記事: http://biotech.nikkeibp.co.jp/bionewsn/detail.jsp?id=20040875 genotypeとかfamily dataはcontrolled accessになるようで、今のところ…

HapMapのbulk downloadにaffy 100k Mapping arrayデータが出現

特にサイトでアナウンスはされてないが、ブラウズしてて気がついた。

SNP探す系ブックマーク

ある遺伝子でどのSNPをタイピングすればいーの?って時に使えるかも。 メモ代わりなので今のところ使ってません。内容不正確。 http://www.pupasnp.org http://fastsnp.ibms.sinica.edu.tw/pages/input_CandidateGeneSearch.jsp http://snpnavigator.net/

Haploviewは今のところbiallelic markerだけ対応

SNP

Haploview can only interpret biallelic markers ― markers with greater than two alleles e.g. microsatellites) will not work correctly. http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/files.php#formats うーん、VNTRとSNPの連鎖不平衡係数を見たいのだが……

TAMAL: an integrated approach to choosing SNPs for genetic studies of human complex traits.

SNP

We developed the TAMAL web site to help identify promising SNPs for further investigation. For a given list of genes, TAMAL identifies SNPs that meet user-specified criteria (e.g., haplotype tagging SNPs or SNP predicted to lead to amino a…

ldmaxをOSXで使おう、ld:Undefined symbols:でこんなエラーが出たら

SNP

連鎖不平衡係数を出してくれるコマンドラインツールldmaxをOSXでコンパイルしました。 ld: Undefined symbols: operator delete(void*) operator new(unsigned long) ___gxx_personality_v0 vtable for __cxxabiv1::__class_type_info vtable for __cxxabiv1…

Guidelines for association studies in Human Molecular Genetics

SNP

Human Molecular GeneticsのVolume 14, Number 17, Pp. 2481-2483にSNPを用いた関連解析についてのガイドラインがCOMMENTARYとして載せられいた。 COMMENTARY Guidelines for association studies in Human Molecular Genetics Nelson B. Freimer1,2,* and C…

HapMap

SNP

NCBI build 34にdbSNP124をマッピング。

LDマップ、GOLD

「この論文みたいな綺麗な絵が欲しい(^^」なんつー無邪気なエライ人の言葉を受けて、LD(連鎖不平衡)マップを描くソフトGOLDを試したのでメモ。 コメントにryamada22様からExcelの等高線グラフを使うと描けるとのアドバイスを頂きました。GOLD自体はWindows…

ほっておいたものをチェック

SNPper http://snpper.chip.org/ 要登録。 snpのデータベース。snp選定時に役立ちそう。多機能なので説明不可気味。 遺伝子名で指定することで、(flanking regionも指定可)その領域のsnpを色々表示させてみたりとか。 データベースはGoldenPathを基準にし…

DNannotator

こちらは、手持ちのSNPの前後配列を与えると、Gnome broserのgenome配列(latest freeze)に対してBLATして、Custom track(GFF形式)のファイルを返してくれる賢いWeb tool。便利だなー。 http://sky.bsd.uchicago.edu/DNannotator.htm