SNPassocを使ってみた

まだ計算中だけど‥100サンプル、1000 SNP で dominant/codominant/recessive のパターンを計算させるのに3分強って感じだった。2000 SNP で10分越したみたい。
25万 SNP なので、Ruby でざく切りして qsub に突っ込む。qsub ありがたや。
しかし、シェルが sh になるのを忘れていてしばしハマる。Nさんと話すことで解決、いつもありがとうです。