UCSC に画像を反転（もちろん文字とかは読める状態のまま）させる機能が追加された。 これをみて、思い出したのが前ボス。 前のラボのボスは研究、実験、プレゼンのどれにも細かくコメント出来る人だった。 まあ会議やらなんやらに引っ張り回されていたんだ…

元ネタ => http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Obscure_But_Useful_Browser_Features おっとFirefoxの機能です、すいません‥。 以下手順。 次のURLをブックマークする。 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg18&position=%s キーワードを hg18 …

http://genome.ucsc.edu/index.html feedbackなどのアンケート。 基本的に選択式（2箇所ほど自由にかける部分がある）で10分程度で終わりました。 日頃使わせてもらっているし、何よりもっと良くなってもらいたいし。

UCSC Gene？って何？ 今あるknownGeneに置き換わるっぽい。 独自IDがつくのか。 アナウンスは以下。 6 April 2007 - New UCSC Gene Prediction Set ReleasedWe are pleased to announce the release of a new gene prediction set, UCSC Genes, on the lates…

は48時間でいいのかな？ FileをUCSCにアップするのではなく、自前のサーバーにアップしてURLで渡すと長持ちらしいが、どれくらいなのか謎。

なんだかとってもありがたそうな機能だ。 あとで試してみる。 トラック（カスタムトラック含めて）の表示設定をローカルファイルに保存できるようになり、それを相手に渡すことで自分の見ている画面設定を相手に簡単にコピーできる。共同研究にお役立ちそう:…

SNPのrsIDやGene symbolとかしか入力したことなかったので、初めて気づいてビックリw

configure -> Enable track re-ordering にチェックを付けるとこの機能が利用可能になる。

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/cartDumpで見れます。

配列のreverse表示が出来るか調べてた時に見つけた。 "Mapping and Sequencing Tracks" => "Base Position"にある機能。 URLの引数で http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgt.motifs=CCCTAGG,GTCCCとしても次のようにハイライト表示できる。複数モチー…

localにBLATを設置できない（メモリを十分に積んだマシンがない）質問者に対して、UCSCの中の人が紹介した（webの）BLATに対してクエリーを投げるスクリプト。 UCSC製だから、ルール通りなのがgoodなところか。 Hello, I have a few hundred cDNA sequences …

A. Table browserのintersectionの機能を使えばいいよというやりとりがUCSCのMLにあったのでメモっておく。 Table browserはEnsemblのBioMartのようなもの。 BioMartがどういうものかはググってね。 自分ではやらないのだが、やっている同僚へのメールついで…

UCSCだとここ。 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?chromInfoPage= http://genome.ucsc.edu/goldenPath/stats.html#hg17

各データのtrackに関しては http://genome.ucsc.edu/index.html にある Conditions of Use の項目を見ると The sequence and annotation data displayed in the Genome Browser are freely available for academic, nonprofit, and personal use with the fo…

http://g2.bx.psu.edu:9000/ UCSC Table browserとかEnsMartを介して複数のデータを取得 => マージ＋加工してカスタムトラック化する、をこのwebページだけでやってしまえる。すげー。 Some examples: you can extract multiple alignments corresponding to…

してみた備忘録。 といってもGenome Browser Build and Installに書いてある通り。 コツは2つ。 MySQL（試したのはmysql-4.1.15）をソースから入れること。yumからでは駄目だった。 makeする際にlibmysqlclient.a絡みでエラーになるときは、試してみると良い…

UCSC Genome Browserに大きいcustom trackをupする時。 知らなかった（or 忘れてた）のでメモ。 Q. I was wondering how much data can be uploaded to the genome browser with ease. I have tried a 9mb file of txt that didn't load properly and did no…

朝来たらsqlがエラー吐いてる。 うまくテーブルが作れてない。 原因が分かりそうにないので、一度databaseごとdropして再度作るとうまくいった。

RefSeqの遺伝子に対して、cSNPだとかiSNPだとか付いていると思っていたのだが、RefSeqの中でも"predict"に分類される場合は、遺伝子とは見なさずにそのSNPのFunctionはunkownと付けられている。 初めて気付いた。

TFBS Conserved Track、hg16とhg17で作り方が違うの今気付いた。 Z-scoreってよくわからない。貰った本で勉強しよう。。

現実逃避を兼ねて（こういうことをしては駄目だが）、Custom Trackをイジイジ。 一から作るのはめんどうなので、SNPsのデータを丸ごとダウンロード。もとい、英語を読むのがかったるかったので(^^; Table Browserにいって genome:human group:All Tracks tra…