UCSC Genome Browser
現実逃避を兼ねて（こういうことをしては駄目だが）、Custom Trackをイジイジ。
一から作るのはめんどうなので、SNPsのデータを丸ごとダウンロード。もとい、英語を読むのがかったるかったので(^^;
Table Browserにいって
genome:human
group:All Tracks
track:SNPs
output format:custom track
output file name:hoge <-ここをblankにすると、fileとしてゲット出来ずにブラウザーにずらずらデータが流れ込んでくる..(^^;
「et Output」を押すと次のページへ。ここでCustom trackのファイルヘッダーが少し設定出来る。
「Get Custom Track in File」を押すと、ダウンロード開始。
次に自分が表示させたいSNPだけをshellとperlで抜き出す。
色の変え方や表示位置の変え方がわからないので、この時点からようやくHELPページなどを読み始める(^^;
こことか
http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTracksHelp.html#CustomTracks
とか
http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html
がCustom Trackの表示に関する記述のあるページ。
ファイルの中身は、
track name="tb_snp" description="table browser query on snp" visibility=3 url=
chr7 127471694 127471695 rs13245201 0 +
chr7 127471734 127471735 rs791614 0 +
..
という様に
1行目：track line
2行目：これ以降がデータ
になっている。
この1行目のtrack lineをいじる事で色表示などを変える事が出来る。color=0,0,255で青色、とか。
その項目の１つに
priority=
とある。
Custom trackは一番上に表示されるのだけれども、SNPはゲノム配列の下に配置されて欲しいのでここをいじる。
..出来ない..orz
どうもこの英文だけでは分かりづらいけど、"priority"はおそらくCustom trackが複数個ある時のCustom track間での相対位置を動かすのか？
いや、まてよ。Genome Browserのメーリングリストでは、他のtrackの下に配置出来るようなレスがあるのに..謎orz
その他のcolorなどはきちんと変更が反映されるのに〜(ToT)
このレスを見る限りは出来るよなぁ。。
https://www.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2003-June/002626.html
このメーリングリストはアーカイブでごそっと落とせるので、こっちから検索をかけてもいいかもしれません。
http://www.soe.ucsc.edu/mailman/listinfo/genome
うーん？？
頭の周りに「？」を出しつつ、Localに動いているGnome Browserに"Add Custom Track"する。
場所以外はオッケー（笑）
