Fedora 4でUCSC Genome BrowserのCGIをコンパイル

UCSC

してみた備忘録。
といってもGenome Browser Build and Installに書いてある通り。
コツは2つ。
MySQL（試したのはmysql-4.1.15）をソースから入れること。yumからでは駄目だった。
makeする際にlibmysqlclient.a絡みでエラーになるときは、試してみると良い。
もう１つは、/kent/src/inc/common.mkのgccのオプションに-wを入れること。


んでは、
[mako@]% printenv
MYSQLINC=/usr/local/mysql/include/mysql
MYSQLLIBS=/usr/local/mysql/lib/mysql/libmysqlclient.a -lz
MACHTYPE=i386
という設定にしておいて、
[mako@]% cd kent/src/
[mako@]% emacs ./inc/common.mk

CC=gcc
#COPT=-O
COPT=-w -O

とCOPTを変更。ちなみにgcc -vの出力では「gcc バージョン 4.0.0 20050519 (Red Hat 4.0.0-8)」。
[mako@]% make libs
[mako@]% cd hg/
[mako@]% make compile
で完成。
[mako@]% ./hgGateway/hgGateway （←出来たCGI）
Please set central options in the hg.conf file.
と反応返ってくる、OK。
./hg/hgBlat/hgBlat
./hg/hgConvert/hgConvert
./hg/hgCoordConv/hgCoordConv
./hg/hgGateway/hgGateway
./hg/hgGene/hgGene
./hg/hgLiftOver/hgLiftOver
./hg/hgPcr/hgPcr
./hg/hgTables/hgTables
./hg/hgText/hgText
./hg/hgTrackUi/hgTrackUi
./hg/hgTracks/hgTracks
./hg/hgc/hgc
./hg/makeDb/genbank/etc/hgnfs1-copy
./hg/makeDb/genbank/etc/hgwbeta-dbload
./hg/makeDb/genbank/etc/hgwdev-dbload
./hg/near/hgNear/hgNear
./hg/visiGene/hgVisiGene/hgVisiGene
も反応返ってくる。後は来年だなー。