Work

BUGJA(Bioperl Users Group in Japan) => sourceforgeへ移行

http://bugja.sourceforge.jp/ お引越し。オイラも引越したい‥w

Galaxy is a web-based data analysis framework that allows you to collect and work with biological data from many different sources

http://g2.bx.psu.edu:9000/ UCSC Table browserとかEnsMartを介して複数のデータを取得 => マージ+加工してカスタムトラック化する、をこのwebページだけでやってしまえる。すげー。 Some examples: you can extract multiple alignments corresponding to…

元Appleの方のプレゼンテクニック - tips on organization, presentation, and slide creation

はてブに入れたんだけども、日記にも入れておこう。 ガー・レイノルズ氏のプレゼンtips。ほとんどのものは過去聞いたこと、読んだことがあるものの気がするけど、とても分かり易く美しいfigureとともにまとめてある。 Presentation Tips | Garr Reynolds Off…

プレゼンハック

プレゼンハック ~プレゼン改善のための10個の小技~ | IDEA*IDEA はてなブックマークから。 そのうちプレゼンあるし(笑)

Human Protein Atlas

h09ed様経由。 413,568枚って数もすごいが、なかなかきれいな画像だ。 さっそくみんなに知らせる(^^

計算化学用 PowerMac G5 クラスタの組み立て

http://licht.ims.ac.jp/lab/xcluster.html 放浪してたら見つけた。 クラスタ組む予定なぞさらさらないけど、メモ。

染色体図に遺伝子の位置をいっぱい示したい時

A software package for drawing ideograms automatically 同僚がちまちま手作業をやっていた時に見つけてあげられていれば‥。 journalはこっち http://www.comcen.com.au/~journals/ojb/ojbideofreesample2003/ojbideofreesample2003.htm projectのページは…

KAST主催・バイオインフォマティクスコース

http://bonohu.jp/t/経由。とりあえずみんなにまわしてみる。 ここ毎日なんかのお知らせメールを書いてるな〜。 ひょっとして私も暇なのか??

伝子多様性データベース

JBIC 一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムから辿って行った。 1. 遺伝子多様性データベース * 約3万個のマイクロサテライトマーカーを含むヒトゲノム多型情報を統合 * 解析モデル疾患の多型タイピング結果を格納(詳細データは今秋公開予定) 2. 疾患…

Ensemblのwikiページ消えた?

ちょっとブックマークを整理してて気づいたんだけど、Ensembl Genome Browserのwikiページがどっかに行ってしまったよう。 archiveからv31以前のページに行けば、保存されている。install memoとかあって有用そうだったのでメモ。

RefSeq説明メモ

RefSeq FAQ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/RSfaq.html Accession Format(NM_とかNR_の定義) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/key.html#accessions

LDマップ、GOLD

「この論文みたいな綺麗な絵が欲しい(^^」なんつー無邪気なエライ人の言葉を受けて、LD(連鎖不平衡)マップを描くソフトGOLDを試したのでメモ。 コメントにryamada22様からExcelの等高線グラフを使うと描けるとのアドバイスを頂きました。GOLD自体はWindows…

アレイのメモ

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/ http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/main_curriculum.html http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/lectures/functional_genomics/20050525.pdf http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/lectures/biostatistics/index.html http://www.iu.a.u-tok…

ほっておいたものをチェック

SNPper http://snpper.chip.org/ 要登録。 snpのデータベース。snp選定時に役立ちそう。多機能なので説明不可気味。 遺伝子名で指定することで、(flanking regionも指定可)その領域のsnpを色々表示させてみたりとか。 データベースはGoldenPathを基準にし…

困ってた人に教えた

motif探ししたい人に教えた http://rsat.ulb.ac.be/rsat/ (前提)20 bpくらいなコンセンサス配列がIUPAC codeのR(A or G)とかD(A,T or G)で表されている。 とりあえず手持ちのシークエンスの中にあるかどうか探したいなら、dna-patternを使う。 簡単に…

活習慣病の感受性遺伝子単離のためのゲノムワイドな相関解析

行ってきまーす。 http://www.biggjapan.com/education/seminar/15th_200400724.html