bashとか

これまた大雑把にいうと、シェルには幾つか種類があって、
sh
bash
csh
tcsh（cshのブラッシュアップ版）
zsh
とか（かな？）。
シェルによって微妙にコマンドが違ったりして、用途に向き不向きがあるようですが、最初はtcshかbashが良いと思います。使ってる人が多いし、ネットや本の情報が手に入りやすいので。ちなみに私はtcsh。これはMac OSXが10.2まではtcshがデフォルトで、10.3からbashに変わったから、それとうちのバイオインフォな人がtcshなので。

私はbashのままやってしまったっためおかしなことになったのでしょうか？

ピンク本（Mac OSX活用マニュアル）を見ると、確かにtcshで設定が進んでますから、そうかもしれません。（これは本は悪くない。ちょうど10.3が出るちょい前だった。）
でもbashのままでもいける気もします‥ちょっと謎？


ピンク本69ページ辺りを読んでfinkの設定をされたと思います。

69ページ
% echo "source /sw/bin/init.csh" > .cshrc

.cshrcはtcsh（またはcsh）用の設定ファイルです。
ここでは、finkの動作環境設定（init.csh）を読み込んでいると思ってください。
付属のTerminal.appを起動させると

mako$

というようなユーザー名と"$"マークのプロンプトが出てくると思います。
（ちなみに$マークだとbash）
そこで

ls

とコマンドをいれて、リターンを押すと今いる階層にあるファイルが表示されると思います。
ここで

tcsh

とするとtcshシェルに切り替わります（"$"プロンプトから"%"になります）。この時、".cshrc"に書き込んである設定も読み込まれます。
この状態で

fink install lv

とするとlvコマンドがインストールされます。
embossを入れるなら

fink install emboss

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