aroma.affymetrix を入れてみる - 気の向くままに

まず EBImage を先立ってインストールしておく。
しかし ImageMagick が 6.2.6 くらいじゃないと蹴られる。
CentOS 4.1 に入れた時は ImageMagick の最新版を本家サイトからダウンロードしておいて

# まずこっち
yum -y install libjpeg-devel libpng-devel libtiff-devel freetype-devel
# ソースからコンパイル 
./configure prefix=/home/mako/usr/local
make
make install

としておく。
EBImage はなんとなく

R CMD INSTALL EBImage_2.2.0.tar.gz

としておく。
本来の目的の aroma.affymetrix は

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(c("affyPLM", "digest"))
library(Biobase)
update.packages(repos=biocReposList(),lib.loc=.libPaths()[1], ask=FALSE)
source("http://www.braju.com/R/hbLite.R")
hbLite("aroma.affymetrix")
# hbInstall("aroma.affymetrix") でも本家サイトを見る限り良さそうだ（試したこと無い）
library(aroma.affymetrix)
downloadPackagePatch("aroma.affymetrix") # 最後にパッチ

で入る。
ハマると泣ける。
Leopard に入れた時は glib2 のバグで泣けた。
この時は

sudo port uninstall glib2
sudo port install glib2

とすると EBImage がうまくコンパイル出来るようになった。

http://readyonrails.blogspot.com/2007/07/installing-rmagick-and-imagemagick-on.html
が libWand.so.10: cannot open shared object file のエラーが出た時の参考になった。