MacBookProインスコ自分用メモ

# 基本的にMac OS X(10.4)再セットアップの手順 http://itoshi.tv/d/?date=20060130#p02 を参考にして行った
# Thanx > 公開を快く承諾してくれたichan氏

プリンタを設定する

OSの設定

1. X11を入れ忘れないようにいれる。 => 忘れた‥orz => 対策：http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20060331/p1
2. システム設定を起動

1. キーリピートを最速にする
2. 共有からコンピュータ名を変更する。リモートログインを有効にする
3. スクリーンセーバーを設定し、ホットコーナーで起動できるようにする
4. セキュリティからスクリーンセーバーやスリープからの復帰にパスワードを要求するように設定する
5. メニューバーの時間表示をいじる。Terminalでdefaults write "Apple Global Domain" AppleICUTimeFormatStrings -dict 2 "M'/'dd' 'HH':'mm':'ss"
6. Spotlightの環境設定からキーボードショートカットはオフにする。今のところ使ってないし、キー操作が被る

3. ソフトウェアアップデートは最後にかける
4. apacheへのアクセスをフィルタリングする（実際にはもっと後で行った）
http://homepage1.nifty.com/glass/tom_neko/web/web_cgi_osx.html#php を参考にした

name.confを変更
デフォルト
 Order allow,deny
 Allow from all
すべてを拒否してから、自分自身 (localhost) だけ許可します
 Order deny,allow
 Deny from all
 Allow from 127.0.0.1

インストール

miインストール
PDFlabインストール
Stuffit Expanderインストール
pathfinderインストール。 #シェアソフト
R (latest)インストール
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/begin.html から辿る
Bioconductorのインストール

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("")   # biocLite("", type = "source")でsourceから、biocLite("PROcess")で特定のpackageをインストール

RMySQLのインストール

sudo R CMD INSTALL -configure-args='--with-mysql-inc="/usr/local/mysql/include" --with-mysql-lib="/usr/local/mysql/lib"' ../RMySQL_0.5-7.tar.gz

ブラウザ

1. Shiira
2. FireFox keybindはこちら

各種ブックマークレットとGmail, Y! Cal, checkpad.jp, はてブ, Google Scholar, Entrez cross-database searchをブックマークバーに入れる

UI系

1. Expogestureを入れて、起動項目へ
2. Quicksilverを入れて、起動項目へ。Cmd + Returnに設定。メチャ便利です

Fink

今のところMacBookProだとソースからインストールすることになるようだ
http://prdownloads.sourceforge.net/fink/fink-0.24.15.tar.gz?use_mirror=jaist

fink で unstable を使うには、/sw/etc/fink.conf を編集し、 Trees: 行に unstable/main と unstable/crypto を追加し、
fink selfupdate; fink index; fink scanpackages を実行します

EMBOSS入れます。

fink install emboss

ダメならソースからmakeする．

 ./configure --prefix=/sw --oldincludedir=/sw/include --without-pngdriver

わざわざ/swにしてるのに意味があったかは忘れた‥orz

lsのカラー表記を使いたいのでfileutilsを入れる

fink install fileutils # http://www.gnu.org/software/fileutils/
fink install nkf
fink install wget
fink lv

Macの文房具化を進める

http://parallelminds.jp/archives/2005/08/osx_tiger_perl.html あたりを参考にしつつ

pukiwikiインストール

まず、/etc/httpd/httpd.confファイルの次の2行の頭の「#」を消してコメントでなくします
 #LoadModule php4_module
 #AddModule mod_php4.c
.htaccessを有効にする
<Directory "/Library/WebServer/Documents"></Directory>の中を書き換えます
# デフォルト
AllowOverride None
# 書き換え後
AllowOverride All

tdiaryインストール
当面は自分だけアクセスを許す
全文検索機能がないのは以下で補う # finkで入るかと思いきやconflictする、よって保留
http://itoshi.tv/d/?date=20050713#p03

phpMyAdminのインストール

OS X(10.4)だとmysql.sockの位置がデフォルトと異なるようで、一部のファイルのパス指定を修正しないとエラーが出た。以下手順。
参考URL: http://s-bot.net/index/item/148.html
大まかには、
1 config.default.phpを修正
2 php.iniファイル修正
3 sudo apachectl graceful

jed /phpMyAdmin/libraries/config.default.php 
 $cfg['Servers'][$i]['socket']        = '/tmp/mysql.sock';  #socket指定
 $cfg['PmaAbsoluteUri'] = 'http://localhost/phpMyAdmin'; #URL指定

sudo cp  /private/etc/php.ini.default /private/etc/php.ini
sudo jed /etc/php.ini
 mysql.default_socket = /tmp/mysql.sock #socket指定

トラブル？

なんだかリンクがpdfだとプレビューしか動いてくれない（ブラウザ上で）？
PDF Browser Plugin
AdobePDFViewer.plugin
は入れてみたけど動かないっぽい
これってpluginはuniversal化されてないからか？

Boot_Camp

installは色々報告されてるだろうから省略。例えばコチラ http://blog.hkisl.net/am/archives/000286.html
ファームウェアアップデートをかける必要があった。
この場合、バッテリー駆動では駄目なのでACアダブタがいる
注意点として電源ボタンが点滅するのかと思っていたが、しなかった
マニュアルにはそう書いてあったと思ったが、webを見ていると別のLEDが点滅するようだ（上記リンク参照）
WinXP SP2のCDがなくてもBoot_Camp自体は動作させられるので、WinXPインストール直前まで動作させるとKNOBが動く

お仕事編

Ruby GDのインストール
http://itoshi.tv/d/?date=20060502
Ruby Rails + Gruff
http://itoshi.tv/d/?date=20060512#p01

phred/phrap/consed/polyphredはBioinformatics-Wiki様を参考にインストールした。
http://www2.mgrc.gifu-u.ac.jp/~search/fswiki/wiki.cgi?page=FrontPage

phredインストール

/Project/SNP/phred_phrap_consed/phred-dist-020425.c-acd
make
cp phred /usr/local/bin
#and change the permissions to allow execution by authorized users
chmod 111 /usr/local/bin/phred
mkdir -p /usr/local/etc/PhredPar
cp phredpar.dat /usr/local/etc/PhredPar
.zshrcに以下を追加
PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE

phrapインストール

/Project/SNP/phred_phrap_consed/distrib
make

polyphred_macインストール

バイナリ

UNIXの設定

zsh使う。.zshrcとかは個人の好みが入るのであまり参考にはならないか？
http://pine.zero.ad.jp/~zbm97210/unix/ と
http://hatena.g.hatena.ne.jp/hatenatech/20060517 が参考になります。Thanx!

### Enviroment

## PhredPhrap
PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/genome/lib/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE
CONSED_PARAMETERS=/usr/local/genome/lib/.consedrc
export CONSED_PARAMETERS
## Phred
#PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
#export PHRED_PARAMETER_FILE

export DISPLAY="localhost:0.0"

export EDITOR="emacs"
export PAGER="less -S"

#export PKG_CPPFLAGS="-I /usr/local/mysql/include"
#export PKG_LIBS="-L /usr/local/mysql/lib -lmysqlclient"

## Fink
. /sw/bin/init.sh
## Japanese
#export LC_CTYPE="ja_JP.UTF-8" 
export LANG="ja_JP.UTF-8"
## shell
export SHELL=`which zsh`
## Path
export PATH=/usr/local/mysql/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/genome/bin:/Project/scripts:/usr/local/bin:$PATH

## Keybind
bindkey -e    # emacs 風キーバインド(環境変数 EDITOR も反映するが、こっちが優先)

## Prompt
unsetopt promptcr # 改行のない出力をプロンプトで上書きするのを防ぐ
setopt prompt_subst # ESCエスケープを有効にする、色を使う
#if [ $UID = 0 ] ; then 
if [ ${TERM} = "xterm-color" ] ; then 
  PSCOLOR='34'  # 青
else
  PSCOLOR='31'  # 赤
fi
PS1=$'[\%{\e[${PSCOLOR}m%}%n@%m#%c\]%#%{\e[00m%} '

#################################################

### setopt
setopt autocd
setopt autopushd
setopt correct
setopt ignoreeof
setopt no_hup # terminal切ってもbackground jobsを続ける
setopt rm_star_silent
setopt print_eight_bit  # 補完候補リストの日本語を適正表示
setopt share_history # 履歴をterminal間ですぐに共有
setopt magic_equal_subst # コマンドラインの引数で --prefix=/usr などの = 以降でも補完できる
setopt print_eightbit # 8 ビット目を通すようになり、日本語のファイル名などを見れるようになる
#################################################

#### completion
autoload -U compinit
compinit -u
zstyle ':completion:*:default' menu select=1 # 補完侯補をEmacsのキーバインドで動き回る
zstyle ':completion:*' matcher-list 'm:{a-z}={A-Z}' # 補完の時に大文字小文字を区別しない

#sudo cmd で補完したいけど補完が効かない…、という場合
zstyle ':completion:*:sudo:*' command-path /sw/bin /usr/local/sbin /usr/local/bin \
                             /usr/sbin /usr/bin /sbin /bin /usr/X11R6/bin

#################################################

### history
setopt histignoredups
#setopt extended_history
HISTFILE=~/.zsh-history
HISTSIZE=100000
SAVEHIST=100000
bindkey '^P' history-beginning-search-backward # 先頭マッチのヒストリサーチ
bindkey '^N' history-beginning-search-forward # 先頭マッチのヒストリサーチ

#################################################

### alias & function
# hold line
alias less='less -S'
# use (fink) ruby
#sudo ln -s /sw/bin/ruby1.8 /usr/bin/ruby
# refe
alias refe='/usr/local/bin/refe.sh'
#alias ruby='/sw/bin/ruby1.8'
# rm
alias rm='rm -fr'
# p4merge
alias p4merge='/Applications/p4merge.app/Contents/MacOS/p4merge -C utf8'
# Excel
#alias ek='open -a /Applications/Microsoft\ Office\ X/Microsoft\ Excel'
alias ek='open -a /Applications/Microsoft\ Office\ 2004/Microsoft\ Excel'
# mi
alias mi='open -a /Applications/mi/mi.app/Contents/MacOS/mi'
# screenにUTF-8を指定する
alias screen='screen -U'
# pbpaste|lv
alias pbl='pbpaste | lv | '
# diff
alias diffmd='diff -Biy'
alias diff='diff -s'

# man
if [ -x `where jman`  ]; then
  alias man="jman"
fi

#################################################

### emacs
#if [ -x /Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs ]; then
	alias emacs='/Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs -nw'
#fi


### ls
## dircolor
if [ -x `where dircolors` ] && [ -e $HOME/.dircolors ]; then
  eval `dircolors $HOME/.dircolors` # 色の設定
fi
alias la='ls -vFa --color=auto'
alias ll='ls -vFl --color=auto'
alias lla='ls -aFvl --color=auto'

#################################################

### global alias
alias -g L="| $PAGER"
alias -g G="| grep"

#################################################
### Omake
# setopts
#setopt extended_history         # コマンドの開始時刻と経過時間を登録
#setopt hist_ignore_dups         # 直前のコマンドと同一ならば登録しない
#setopt hist_ignore_all_dups     # 登録済コマンド行は古い方を削除
#setopt hist_reduce_blanks # 余分な空白は詰めて登録(空白数違い登録を防ぐ)
#setopt append_history  # zsh を終了させた順にファイルに記録(デフォルト)
#setopt inc_append_history # 同上、ただしコマンドを入力した時点で記録
#setopt share_history    # ヒストリの共有。(append系と異なり再読み込み不要、これを設定すれば append 系は不要)
#setopt hist_no_store            # historyコマンドは登録しない
#setopt hist_ignore_space # コマンド行先頭が空白の時登録しない(直後ならば呼べる)
#setopt list_packed              # 補完候補リストを詰めて表示
#setopt print_eight_bit          # 補完候補リストの日本語を適正表示
##setopt menu_complete  # 1回目のTAB で補完候補を挿入。表示だけの方が好き
#setopt no_clobber               # 上書きリダイレクトの禁止
#setopt no_unset                 # 未定義変数の使用の禁止
#setopt no_hup                   # logout時にバックグラウンドジョブを kill しない
#setopt no_beep                  # コマンド入力エラーでBEEPを鳴らさない
#setopt extended_glob            # 拡張グロブ
#setopt numeric_glob_sort        # 数字を数値と解釈して昇順ソートで出力
#setopt auto_cd                  # 第1引数がディレクトリだと cd を補完
#setopt correct                  # スペルミス補完
#setopt no_checkjobs             # exit 時にバックグラウンドジョブを確認しない
#setopt ignore_eof              # C-dでlogoutしない(C-dを補完で使う人用)
#setopt pushd_to_home        # 引数なしpushdで$HOMEに戻る(直前dirへは cd - で)
#setopt pushd_ignore_dups        # ディレクトリスタックに重複する物は古い方を削除
#setopt pushd_silent   # pushd, popd の度にディレクトリスタックの中身を表示しない
#setopt autopushd
#setopt interactive_comments     # コマンド入力中のコメントを認める
#setopt rm_star_silent          # rm * で本当に良いか聞かずに実行
#setopt rm_star_wait            # rm * の時に 10秒間何もしない
#setopt chase_links             # リンク先のパスに変換してから実行。
# setopt sun_keyboard_hack      # SUNキーボードでの頻出 typo ` をカバーする
#unsetopt promptcr       # 改行のない出力をプロンプトで上書きするのを防ぐ
#setopt prompt_subst             # ESCエスケープを有効にする