htSNPも言うほど便利じゃないですから。残念。

ht(= haplotype tagging)SNP。
世にはhtSNPは複数のSNPで構成されるhaplotype blockをそれひとつで代表出来る、便利なSNPと考えられているが、実際やってみるとそーでもない。同じblockにいて、htSNPとほぼ同じ挙動を示すSNP（お互いがhtSNPとなる）は、完全に挙動が一致するわけでもないので、微妙にタイピングデータはサンプル間で異なる。大多数は同じだけど。でもその少しの違いが結果的に２群の差として効いてくるわけで。
欲張って組み合わせを増やしすぎると、いつまで経っても計算が終わらないコースにいってしまう。


なーんか今の処理系では駄目だなぁ‥。
明日は勤労感謝なので、家でゆっくり考えます..orz