2006-03-28

# 基本的にMac OS X(10.4)再セットアップの手順 http://itoshi.tv/d/?date=20060130#p02 を参考にして行った
# Thanx > 公開を快く承諾してくれたichan氏

プリンタを設定する

OSの設定

1. X11を入れ忘れないようにいれる。 => 忘れた‥orz => 対策：http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20060331/p1
2. システム設定を起動

1. キーリピートを最速にする
2. 共有からコンピュータ名を変更する。リモートログインを有効にする
3. スクリーンセーバーを設定し、ホットコーナーで起動できるようにする
4. セキュリティからスクリーンセーバーやスリープからの復帰にパスワードを要求するように設定する
5. メニューバーの時間表示をいじる。Terminalでdefaults write "Apple Global Domain" AppleICUTimeFormatStrings -dict 2 "M'/'dd' 'HH':'mm':'ss"
6. Spotlightの環境設定からキーボードショートカットはオフにする。今のところ使ってないし、キー操作が被る

3. ソフトウェアアップデートは最後にかける
4. apacheへのアクセスをフィルタリングする（実際にはもっと後で行った）
http://homepage1.nifty.com/glass/tom_neko/web/web_cgi_osx.html#php を参考にした

name.confを変更
デフォルト
 Order allow,deny
 Allow from all
すべてを拒否してから、自分自身 (localhost) だけ許可します
 Order deny,allow
 Deny from all
 Allow from 127.0.0.1

インストール

miインストール
PDFlabインストール
Stuffit Expanderインストール
pathfinderインストール。 #シェアソフト
R (latest)インストール
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/begin.html から辿る
Bioconductorのインストール

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("")   # biocLite("", type = "source")でsourceから、biocLite("PROcess")で特定のpackageをインストール

RMySQLのインストール

sudo R CMD INSTALL -configure-args='--with-mysql-inc="/usr/local/mysql/include" --with-mysql-lib="/usr/local/mysql/lib"' ../RMySQL_0.5-7.tar.gz

ブラウザ

1. Shiira
2. FireFox keybindはこちら

各種ブックマークレットとGmail, Y! Cal, checkpad.jp, はてブ, Google Scholar, Entrez cross-database searchをブックマークバーに入れる

UI系

1. Expogestureを入れて、起動項目へ
2. Quicksilverを入れて、起動項目へ。Cmd + Returnに設定。メチャ便利です

Fink

今のところMacBookProだとソースからインストールすることになるようだ
http://prdownloads.sourceforge.net/fink/fink-0.24.15.tar.gz?use_mirror=jaist

fink で unstable を使うには、/sw/etc/fink.conf を編集し、 Trees: 行に unstable/main と unstable/crypto を追加し、
fink selfupdate; fink index; fink scanpackages を実行します

EMBOSS入れます。

fink install emboss

ダメならソースからmakeする．

 ./configure --prefix=/sw --oldincludedir=/sw/include --without-pngdriver

わざわざ/swにしてるのに意味があったかは忘れた‥orz

lsのカラー表記を使いたいのでfileutilsを入れる

fink install fileutils # http://www.gnu.org/software/fileutils/
fink install nkf
fink install wget
fink lv

Macの文房具化を進める

http://parallelminds.jp/archives/2005/08/osx_tiger_perl.html あたりを参考にしつつ

pukiwikiインストール

まず、/etc/httpd/httpd.confファイルの次の2行の頭の「#」を消してコメントでなくします
 #LoadModule php4_module
 #AddModule mod_php4.c
.htaccessを有効にする
<Directory "/Library/WebServer/Documents"></Directory>の中を書き換えます
# デフォルト
AllowOverride None
# 書き換え後
AllowOverride All

tdiaryインストール
当面は自分だけアクセスを許す
全文検索機能がないのは以下で補う # finkで入るかと思いきやconflictする、よって保留
http://itoshi.tv/d/?date=20050713#p03

phpMyAdminのインストール

OS X(10.4)だとmysql.sockの位置がデフォルトと異なるようで、一部のファイルのパス指定を修正しないとエラーが出た。以下手順。
参考URL: http://s-bot.net/index/item/148.html
大まかには、
1 config.default.phpを修正
2 php.iniファイル修正
3 sudo apachectl graceful

jed /phpMyAdmin/libraries/config.default.php 
 $cfg['Servers'][$i]['socket']        = '/tmp/mysql.sock';  #socket指定
 $cfg['PmaAbsoluteUri'] = 'http://localhost/phpMyAdmin'; #URL指定

sudo cp  /private/etc/php.ini.default /private/etc/php.ini
sudo jed /etc/php.ini
 mysql.default_socket = /tmp/mysql.sock #socket指定

トラブル？

なんだかリンクがpdfだとプレビューしか動いてくれない（ブラウザ上で）？
PDF Browser Plugin
AdobePDFViewer.plugin
は入れてみたけど動かないっぽい
これってpluginはuniversal化されてないからか？

Boot_Camp

installは色々報告されてるだろうから省略。例えばコチラ http://blog.hkisl.net/am/archives/000286.html
ファームウェアアップデートをかける必要があった。
この場合、バッテリー駆動では駄目なのでACアダブタがいる
注意点として電源ボタンが点滅するのかと思っていたが、しなかった
マニュアルにはそう書いてあったと思ったが、webを見ていると別のLEDが点滅するようだ（上記リンク参照）
WinXP SP2のCDがなくてもBoot_Camp自体は動作させられるので、WinXPインストール直前まで動作させるとKNOBが動く

お仕事編

Ruby GDのインストール
http://itoshi.tv/d/?date=20060502
Ruby Rails + Gruff
http://itoshi.tv/d/?date=20060512#p01

phred/phrap/consed/polyphredはBioinformatics-Wiki様を参考にインストールした。
http://www2.mgrc.gifu-u.ac.jp/~search/fswiki/wiki.cgi?page=FrontPage

phredインストール

/Project/SNP/phred_phrap_consed/phred-dist-020425.c-acd
make
cp phred /usr/local/bin
#and change the permissions to allow execution by authorized users
chmod 111 /usr/local/bin/phred
mkdir -p /usr/local/etc/PhredPar
cp phredpar.dat /usr/local/etc/PhredPar
.zshrcに以下を追加
PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE

phrapインストール

/Project/SNP/phred_phrap_consed/distrib
make

polyphred_macインストール

バイナリ

UNIXの設定

zsh使う。.zshrcとかは個人の好みが入るのであまり参考にはならないか？
http://pine.zero.ad.jp/~zbm97210/unix/ と
http://hatena.g.hatena.ne.jp/hatenatech/20060517 が参考になります。Thanx!

### Enviroment

## PhredPhrap
PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/genome/lib/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE
CONSED_PARAMETERS=/usr/local/genome/lib/.consedrc
export CONSED_PARAMETERS
## Phred
#PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
#export PHRED_PARAMETER_FILE

export DISPLAY="localhost:0.0"

export EDITOR="emacs"
export PAGER="less -S"

#export PKG_CPPFLAGS="-I /usr/local/mysql/include"
#export PKG_LIBS="-L /usr/local/mysql/lib -lmysqlclient"

## Fink
. /sw/bin/init.sh
## Japanese
#export LC_CTYPE="ja_JP.UTF-8" 
export LANG="ja_JP.UTF-8"
## shell
export SHELL=`which zsh`
## Path
export PATH=/usr/local/mysql/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/genome/bin:/Project/scripts:/usr/local/bin:$PATH

## Keybind
bindkey -e    # emacs 風キーバインド(環境変数 EDITOR も反映するが、こっちが優先)

## Prompt
unsetopt promptcr # 改行のない出力をプロンプトで上書きするのを防ぐ
setopt prompt_subst # ESCエスケープを有効にする、色を使う
#if [ $UID = 0 ] ; then 
if [ ${TERM} = "xterm-color" ] ; then 
  PSCOLOR='34'  # 青
else
  PSCOLOR='31'  # 赤
fi
PS1=$'[\%{\e[${PSCOLOR}m%}%n@%m#%c\]%#%{\e[00m%} '

#################################################

### setopt
setopt autocd
setopt autopushd
setopt correct
setopt ignoreeof
setopt no_hup # terminal切ってもbackground jobsを続ける
setopt rm_star_silent
setopt print_eight_bit  # 補完候補リストの日本語を適正表示
setopt share_history # 履歴をterminal間ですぐに共有
setopt magic_equal_subst # コマンドラインの引数で --prefix=/usr などの = 以降でも補完できる
setopt print_eightbit # 8 ビット目を通すようになり、日本語のファイル名などを見れるようになる
#################################################

#### completion
autoload -U compinit
compinit -u
zstyle ':completion:*:default' menu select=1 # 補完侯補をEmacsのキーバインドで動き回る
zstyle ':completion:*' matcher-list 'm:{a-z}={A-Z}' # 補完の時に大文字小文字を区別しない

#sudo cmd で補完したいけど補完が効かない…、という場合
zstyle ':completion:*:sudo:*' command-path /sw/bin /usr/local/sbin /usr/local/bin \
                             /usr/sbin /usr/bin /sbin /bin /usr/X11R6/bin

#################################################

### history
setopt histignoredups
#setopt extended_history
HISTFILE=~/.zsh-history
HISTSIZE=100000
SAVEHIST=100000
bindkey '^P' history-beginning-search-backward # 先頭マッチのヒストリサーチ
bindkey '^N' history-beginning-search-forward # 先頭マッチのヒストリサーチ

#################################################

### alias & function
# hold line
alias less='less -S'
# use (fink) ruby
#sudo ln -s /sw/bin/ruby1.8 /usr/bin/ruby
# refe
alias refe='/usr/local/bin/refe.sh'
#alias ruby='/sw/bin/ruby1.8'
# rm
alias rm='rm -fr'
# p4merge
alias p4merge='/Applications/p4merge.app/Contents/MacOS/p4merge -C utf8'
# Excel
#alias ek='open -a /Applications/Microsoft\ Office\ X/Microsoft\ Excel'
alias ek='open -a /Applications/Microsoft\ Office\ 2004/Microsoft\ Excel'
# mi
alias mi='open -a /Applications/mi/mi.app/Contents/MacOS/mi'
# screenにUTF-8を指定する
alias screen='screen -U'
# pbpaste|lv
alias pbl='pbpaste | lv | '
# diff
alias diffmd='diff -Biy'
alias diff='diff -s'

# man
if [ -x `where jman`  ]; then
  alias man="jman"
fi

#################################################

### emacs
#if [ -x /Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs ]; then
	alias emacs='/Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs -nw'
#fi


### ls
## dircolor
if [ -x `where dircolors` ] && [ -e $HOME/.dircolors ]; then
  eval `dircolors $HOME/.dircolors` # 色の設定
fi
alias la='ls -vFa --color=auto'
alias ll='ls -vFl --color=auto'
alias lla='ls -aFvl --color=auto'

#################################################

### global alias
alias -g L="| $PAGER"
alias -g G="| grep"

#################################################
### Omake
# setopts
#setopt extended_history         # コマンドの開始時刻と経過時間を登録
#setopt hist_ignore_dups         # 直前のコマンドと同一ならば登録しない
#setopt hist_ignore_all_dups     # 登録済コマンド行は古い方を削除
#setopt hist_reduce_blanks # 余分な空白は詰めて登録(空白数違い登録を防ぐ)
#setopt append_history  # zsh を終了させた順にファイルに記録(デフォルト)
#setopt inc_append_history # 同上、ただしコマンドを入力した時点で記録
#setopt share_history    # ヒストリの共有。(append系と異なり再読み込み不要、これを設定すれば append 系は不要)
#setopt hist_no_store            # historyコマンドは登録しない
#setopt hist_ignore_space # コマンド行先頭が空白の時登録しない(直後ならば呼べる)
#setopt list_packed              # 補完候補リストを詰めて表示
#setopt print_eight_bit          # 補完候補リストの日本語を適正表示
##setopt menu_complete  # 1回目のTAB で補完候補を挿入。表示だけの方が好き
#setopt no_clobber               # 上書きリダイレクトの禁止
#setopt no_unset                 # 未定義変数の使用の禁止
#setopt no_hup                   # logout時にバックグラウンドジョブを kill しない
#setopt no_beep                  # コマンド入力エラーでBEEPを鳴らさない
#setopt extended_glob            # 拡張グロブ
#setopt numeric_glob_sort        # 数字を数値と解釈して昇順ソートで出力
#setopt auto_cd                  # 第1引数がディレクトリだと cd を補完
#setopt correct                  # スペルミス補完
#setopt no_checkjobs             # exit 時にバックグラウンドジョブを確認しない
#setopt ignore_eof              # C-dでlogoutしない(C-dを補完で使う人用)
#setopt pushd_to_home        # 引数なしpushdで$HOMEに戻る(直前dirへは cd - で)
#setopt pushd_ignore_dups        # ディレクトリスタックに重複する物は古い方を削除
#setopt pushd_silent   # pushd, popd の度にディレクトリスタックの中身を表示しない
#setopt autopushd
#setopt interactive_comments     # コマンド入力中のコメントを認める
#setopt rm_star_silent          # rm * で本当に良いか聞かずに実行
#setopt rm_star_wait            # rm * の時に 10秒間何もしない
#setopt chase_links             # リンク先のパスに変換してから実行。
# setopt sun_keyboard_hack      # SUNキーボードでの頻出 typo ` をカバーする
#unsetopt promptcr       # 改行のない出力をプロンプトで上書きするのを防ぐ
#setopt prompt_subst             # ESCエスケープを有効にする

fink install wget
fink install --auto-deconfigure rast
fink install chasen
fink install clamav
fink install fileutils
fink install grep
fink install jed
fink install lftp-ssl
fink install lv
fink install nautilus
fink install nmap
fink install osxutils
fink install rast
fink install readline
fink install rlwrap
fink install screen
fink install sqlite3
fink install svn
fink install swig
fink install watch
fink install zsh # macportから+utf8で入れ直した
rubyをsourceから。
CFLAGS='-g -O2 -fno-common' ./configure --enable-shared --with-readline-dir=/sw
sudo gem install Gruff
sudo gem install RMagick
sudo gem install rails -y
sudo gem install refe -y
sudo gem install wirble -y

sudo gem install GraphicsMagick-config
sudo gem install Magick-config
sudo gem install RubyInline
sudo gem install ZenTest
sudo gem install camellia --include-dependencies # Macではbuildできず？
sudo gem install capistrano --include-dependencies
sudo gem install cgi
sudo gem install cmdparse highline
sudo gem install commandline
sudo gem install fcgi
sudo gem install gd2 --include-dependencies
sudo gem install hatenabm --include-dependencies
sudo gem install logger -r
sudo gem install login_generator
sudo gem install mechanize
sudo gem install my_wiki_generator
sudo gem install mysql --with-mysql-dir=/usr/local/mysql --include-dependencies
sudo gem install path_observer
sudo gem install progressbar
sudo gem install pureimage
sudo gem install rast
sudo gem install rb-appscript -r
sudo gem install rcodetools -yrd
sudo gem install redgreen --source require.errtheblog.com
sudo gem install ruby-growl
sudo gem install ruby-prof
sudo gem install rubygems --include-dependencies
sudo gem install rubyosa
sudo gem install scrapi
sudo gem install scrubyt -dry
sudo gem install simpleconsole --remote
sudo gem install simplecsv --with-csv-include=/usr/include/libcsv

気の向くままに

MacBook Pro来たらしい

Installの際のメモ

MacBookProインスコ自分用メモ