アノテーター(Annotator)、キュレーター(Curator)、システムデータベース管理者(System DB administrator)向けの教材を構築していくWikiサイト、MotDB（「もっとでぃーびー」と発音、Master of the databaseの略）です。 こちらはqwikで作成中。

ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、約550件に及ぶ記事が存在します。 当面の間、記事の投稿・整備はこの分野の有識者により行いますが、今後、新規データベース、既登録データベースの特に利用方法の案内など…

機能ゲノミクス研究会でトランスクリプトーム解析を聴く。 自分はしてこなかった分野だけれども、分かりやすいというか良いトークが多かった。 発表者の皆様、ありがとう。 特に開発者に向けて送られたメッセージに データの入力形式をやさしく説明しておい…

[ensembl-dev] Removal of Mart databases from ensembldb.ensembl.org Ensembl Mart users... As of last month, the Ensembl Mart databases have had their own external database server: Host: martdb.ensembl.org Port: 3316 User: anonymous Pass: Bu…

早めに出してみて、赤ペンいれてもらって。 使う人が何を知りたいかを考えてつつ、原稿を書く。 共同研究者に紹介できる本になるんだろうって期待。 「それなら、この本を見てみるといいですよ」って:-)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/Notes/build127_announce.txt

この人 => http://www.casti.co.jp/about/team.html お話上手。バイオに偏った話でもなく、米国や東大TLOの数字を見せた後、アソシエイト*1側から見た話が楽しめた。 異業種の話って楽しいね。 「技術が分かるとは？」というスライドのネタを拝借。 「技術移…

ふと見つけたのでメモ。誰かが作っていてくれるとは思っていた。 作者のSEさん、ありがとう。 http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1元ネタは研究者のためのコンピュータフォーラムの論文PDFファイルの整理方法というスレッド。

単一遺伝子疾患って、なかなか競争激しいね。1年に1回はこういうことがあるんだもんな。 でもどんまい。明らかになるっつーのは良いことだから。 そうとなったら、他のやつを頑張るだけだ。

Gavai AnandさんがBioCのMLにポストしたものをメモ。 Hi there, It has been some time trying to install and configure Rgraphviz to work with graphviz. here is a receipe which works quiet well install R from Darwin ports "http://darwinports.ope…

http://www.kazusa.or.jp/workshop/genome2007/ アノテーションパイプラインとかWebサービス／知識統合活用とか、とてもおもしろそう。 バリバリやってる人たちが話してくれるのはとっても得難い機会。 宿泊ホテルの1つ、ロイヤルガーデン木更津はここから予…

New features in this release include Segmental Duplications and Copy Number Variation (CNV). Segmental Duplications correspond to High-Depth Celera Reads (She et al. 2004; Bailey et al. 2001 & 2002). Structural Variation datasets include: …

http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/Descriptions/SNPassoc.html データの読み込みがイージー covariantをモデルに入れられる（= GLMで計算している） 1SNPの相関解析をdominantやらadditiveやら複数の形式を簡単に計算できる（一括指定するだけ） それ…

プレスリリース（英語）： http://www.nlm.nih.gov/news/press_releases/dbgap_launchPR06.html 日経バイオテク記事： http://biotech.nikkeibp.co.jp/bionewsn/detail.jsp?id=20040875 genotypeとかfamily dataはcontrolled accessになるようで、今のところ…

講師をされた江口先生 http://www.geocities.jp/ismstats/diary_2006.htmlRでadaBoostのデモをされた川喜田研究員 http://www.ism.ac.jp/~kawakita/homepage_jp.html

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/Rstat.cgi 今のところ、pdfで139ページ。 統計学よりもRの操作よりな構成。 既に素晴らしいR-tipsもあるわけだが、手始めにざっと通して演習してみるのにいいかもしれない。 公開して頂けることには、感謝です :-)

特にサイトでアナウンスはされてないが、ブラウズしてて気がついた。

[BioC] Mirror configuration to install from local files with getBioC/biocLite というのがBioC MLに流れていた。メモ。

外部のプロジェクターに映せなくなった。 はて？ うちにあるCinema displayとはOKなので。 ラボプロジェクター？ MBP付属のDVI-RGBのアダプタ？ 別の人がRGBで映していたので、後者があやしい‥。 今度DVI-DVIケーブルで試そう。追記：別のプロジェクターだと…

ひさびさにまとも（？）な感じ。 オレ担当。 ゴロがSGP（スーパーゴールデンポーク）と似てるのが、なんかヤダ。

のアップデートCDが届く。 Oracle使ってるのか‥高そうだ。。

先週、見本を取り寄せたので、いざアクセスしたら、 諸事情によりお店をしばらく閉店することとなりました。え〜っ、マジ？ でもきっとそれなりの理由なんでしょう。 また名刺屋さん探すところから、リスタート‥orz

某翻訳で。こういうのを手作業するのは、めんどくさい。 日本語を置換するのは、したことがなかったのでメモ。 "アレイ"を含む行だけ出力させるのには次のようにする。 #!/usr/bin/env ruby -Ku begin io = File.open(ARGV.shift) io.each do |line| line.ch…

ひとつ関わっていたことがオープンに。 それに伴って、自分の所属部門でもちょっと移動が。 ボスがうまくやってくれて、士気が上がった形になったのは収穫。 みんなうまく収まったかな :-)

トラップされまくり。 はなせ〜。

あ、これは弱気になっているな :-(

中間管理職っぽい、と相方に言われる。 早く行動に移したい。。 ひさびさに悩む。

http://www.1101.com/store/techo/index.html にて注文確定 :-) 今回は ナイロン・バナナイエロー（セット） 3500円 ナイロン・ディープレッド（カバーのみ） 1500円 ラミーサファリ（イエロー） 2625円を購入。赤いカバーは今年からずっと欲しいなぁと思っ…

BioCのMLからクリップ。自分も困りそうだから :-) 質問者はR version 2.3.1, on Mac (OS 10.4.7, on an Intel CoreDuo iMac) とのこと。 次のwarningがでるらしい。 The downloaded packages are in /tmp/RtmpJdBYlA/downloaded_packages Warning messages: …

phredPhrapしてconsedで見る時にリファレンスになるシークエンスを加える。 exonをシークエンスしてる時に、consed上で「どこからがexonなのか分からない」というのが発端。 00A18がemsemblのゲノム配列からsudophredで作ったもの。それ以外は自分がシークエ…